Se connecter
- Depuis la page d'accueil, choisissez JupyterLab (Python) ou RStudio (R).
- Saisissez l'identifiant et le mot de passe remis par l'administrateur. Ils sont identiques pour les deux outils.
- Le premier démarrage d'une session prend quelques secondes.
- En fin de travail, déconnectez-vous : menu File → Log Out dans JupyterLab, bouton de déconnexion en haut à droite dans RStudio.
Ne communiquez jamais votre mot de passe. Pour le changer ou le réinitialiser, adressez-vous à l'administrateur.
Vos fichiers
- Vous disposez d'un espace de travail personnel, le même dans JupyterLab et dans RStudio.
- Aucun autre chercheur ne peut lire ni modifier vos fichiers.
- Pour importer un fichier : bouton d'envoi (flèche vers le haut) dans le panneau de fichiers de JupyterLab, ou bouton Upload de l'onglet Files de RStudio.
- Pour récupérer un fichier : clic droit puis Download dans JupyterLab ; cochez le fichier puis More → Export dans RStudio.
- Conservez toujours une copie de vos fichiers importants sur votre propre ordinateur.
Limites de la plateforme
- Mémoire : 2 Go par session. Un calcul qui dépasse cette limite est interrompu ; relancez-le avec moins de données ou par morceaux.
- Inactivité : une session sans activité est arrêtée après 30 minutes. Les fichiers enregistrés sont conservés, pas les variables en mémoire.
- Calculs intensifs : un seul chercheur à la fois. Prévenez l'administrateur avant un traitement long.
- Données : n'importez pas de données personnelles ou confidentielles sans accord préalable.
Produire un rapport avec Quarto
Un rapport Quarto est un fichier texte .qmd qui mêle du texte et du code R ou Python. À la génération, le code est exécuté et ses résultats sont insérés dans le document.
Exemple minimal, à enregistrer sous rapport.qmd :
---
title: "Mon premier rapport"
format: html
---
Voici un résumé de mes mesures.
```{r}
d <- read.csv("mesures.csv")
summary(d)
```- Dans RStudio : ouvrez le fichier et cliquez sur Render.
- Dans JupyterLab : ouvrez un terminal (File → New → Terminal) et lancez
quarto render rapport.qmd. - Autres formats : ajoutez
--to docxpour Word ou--to typstpour PDF. - Avec Python : remplacez
{r}par{python}et ajoutez la lignejupyter: python3dans l'en-tête.
Chimie moléculaire avec RDKit
Dans un notebook Python :
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Descriptors
molecule = Chem.MolFromSmiles("CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O") # aspirine
print(Descriptors.MolWt(molecule)) # masse molaire
print(Descriptors.MolLogP(molecule)) # logPLes bibliothèques NumPy, pandas, SciPy, Matplotlib et scikit-learn sont également installées.
Dépannage
- Mon identifiant est refusé.
- Vérifiez les majuscules et la disposition du clavier. Après plusieurs échecs, patientez quelques minutes puis contactez l'administrateur.
- La page reste blanche ou affiche une erreur 503.
- Rechargez la page après une minute. Si le problème persiste, le service est peut-être en maintenance : contactez l'administrateur.
- Mon calcul s'arrête sans message, ou le noyau redémarre.
- La limite de mémoire a probablement été atteinte. Réduisez la taille des données chargées ou traitez-les par lots.
- J'ai perdu mes variables après une pause.
- La session a été arrêtée pour inactivité. Vos fichiers sont intacts : relancez le notebook ou le script.
- Il me manque une bibliothèque R ou Python.
- Les environnements sont partagés et gérés par l'administrateur. Indiquez-lui le nom exact de la bibliothèque.
Assistance
Pour toute demande (compte, mot de passe, bibliothèque manquante, incident), contactez l'administrateur de la plateforme en précisant :
- votre identifiant (jamais votre mot de passe) ;
- l'outil concerné (JupyterLab, RStudio ou Quarto) ;
- l'heure de l'incident et le message d'erreur affiché.